A pesar de su relevancia ecológica, en la Laguna de Rocha, existen indicios de que la misma está sufriendo un proceso de  contaminación conocido como eutrofización.  Este proceso está provocado por el exceso de nutrientes en el agua, procedentes mayoritariamente de la actividad del hombre. 

Estudio realizado en el marco del programa de monitoreo interinstitucional, refleja que la Laguna de Rocha se encuentra recibiendo  contaminantes, posiblemente asociado al cambio en los usos del suelo, siendo las zonas urbanas y agrícolas las dos principales fuentes. A esto se suma la apertura artificial de sus barras y la construcción de infraestructuras rígidas sobre las mismas y en su planicie de inundación (puentes y viviendas), que afectan la dinámica hidrológica de la laguna.
Los resultados indican que las lagunas José Ignacio, Garzón, de Castillos y de Rocha  se encuentran en general con buena calidad del agua y sedimentos, dado que, si bien se registraron metales y agroquímicos, éstos se encontraron en su mayoría por debajo de los estándares permitidos. 

El Programa de Monitoreo de las Lagunas Costeras, el cual se lleva a cabo desde el 2017 hasta la actualidad. Este es programa de monitoreo interinstitucional (DINACEA (MA) – DINARA (MGAP) – IDR - OSE – CURE), en el cual se trabaja de forma colaborativa, optimizando recursos humanos y económicos. Las actividades realizadas se encuentran dentro del marco de un acuerdo y un convenio de cooperación técnica entre dichas instituciones. El objetivo del mismo es aportar al conocimiento del estado ambiental de las cuencas de las lagunas costeras del Uruguay, buscando identificar las zonas de mayor presión antropogénica que inciden en la calidad ambiental.

A partir de los resultados obtenidos, generar propuestas de gestión ambiental para la preservación de estos relevantes ecosistemas.

El presente trabajo tuvo como objetivo evaluar de forma integrada la calidad del agua de las lagunas costeras y sus principales afluentes entre los años 2017 y 2020. Para lo cual se realizó la evaluación de la calidad del agua y de los sedimentos de las Lagunas de José Ignacio, Garzón, de Rocha y de Castillos, así como la calidad del agua de sus principales tributarios, buscando establecer en qué forma afectan las actividades agrícolas y urbanas a estos cursos de agua. Asimismo, se evaluaron en las lagunas las comunidades biológicas como ser: el fitoplancton, bentos, íctioplancton y misidáceos, se realizaron monitoreos de pesca artesanal y análisis de mercurio en tejido de algunas especies de invertebrados y peces. Asimismo, se compararon los resultados obtenidos con datos históricos.
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