Desde el año 2000, aproximadamente, han tenido lugar grandes cambios en el uso del suelo de esta cuenca. A través de la comparación de las imágenes satelitales de los diferentes usos del suelo, se observa un aumento de la superficie cultivada y de la forestación, en detrimento del campo natural. En este período también se evidencia la disminución de 4000 hectáreas en la superficie de humedales, la cual en el área noroeste de la laguna ha sido sustituida por cultivo agrícola. Los cultivos de cereales y oleaginosas han mostrado el mayor incremento, triplicando su superficie respecto a 1990. También se registró un aumento en la superficie de pasturas.

Según el informe del Programa de Monitoreo Interinstitucional de las Lagunas Costeras del Uruguay,  la Laguna de Castillos presentó en general buena calidad del agua y sedimentos, aunque se observan indicios del proceso acumulación de residuos orgánicos  que causa la proliferación de ciertas algas. En tal sentido, los niveles de nutrientes superan los valores de referencia de calidad en la mayoría de los registros.

Desde el Ministerio de Ambiente se trabaja en los primeros niveles de actuación, financiando y coordinando el monitoreo, diagnóstico e identificación de factores que causan estrés en el sistema; lo que permite conocer la evolución del estado ambiental, generando información y conocimiento para una mejor gestión enfocada en el cuidado de la calidad del agua.

En este sentido, en el informe se identifican otros niveles de actuación e intervención interinstitucional, asociados a medidas para reducir la llegada de nutrientes a los cursos de agua que drenan hacia esta laguna, y mitigar el proceso de eutrofización. Reducción de aportes urbanos, industriales y rurales; tratamiento de efluentes; reducción de la carga de nutrientes de origen difuso; restauración de humedales y zonas buffer; preservación de bosques nativos y promoción de buenas prácticas agrícolas, son algunas de las medidas identificadas para reducir la carga actual de nutrientes, siguiendo además la experiencia desarrollada en otras cuencas. 

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